Fils de l'helléniste spécialiste d'Homère Victor Bérard, Jean Bérard, après l’École normale supérieure et l'agrégation de lettres, obtient une place de membre de l’École française de Rome de 1933 et 1936. Il se lie pendant cette période à des intellectuels italiens anti-fascistes de premier plan comme Umberto Zanotti Bianco et il raconte sa découverte de l'Italie soumise au fascisme dans un essai prophétique publié sous le pseudonyme de C.M.R. en 1938 : "Histoire du fascisme italien", qui sera mise au pilon à la demande de Mussolini, dans la France occupée.

En 1939 et 1940, il visite les sites de la Grande-Grèce et d'Afrique du Nord. En 1941, sa thèse sur la colonisation grecque de l'Italie et de la Sicile dans l'Antiquité, relance les recherches sur la Grande-Grèce, en présentant de manière rationnelle et critique l'étude des sources littéraires antiques sur le sujet. Il est ensuite nommé à la Faculté des lettres de Nancy, puis occupe un place de suppléant à la Sorbonne. Il travaille sur la datation de la Guerre de Troie. De 1952 à 1955, il dirige des fouilles archéologiques sur l'île de Chypre, à Néo-Paphos et à Ktima, découvrant de nombreuses tombes datées du IIe millénaire au IIe siècle av. J.-C. dans la nécropole d'Iskendar. Il meurt dans un accident de la route en juillet 1957.

En 1966 est créé à Naples un centre de recherche sur l'Italie méridionale qui porte son nom.