Peintre, proche un temps de Cézanne, Frédéric Mistral, Jean Moréas, ou Charles Maurras, Jules Borély entre dans la magistrature et prend son premier poste en Tunisie pour deux décennies. Il y peint des vues de la Tunis indigène, de Sidi Bou Saïd, de la Marsa. En 1919, il est muté au Maroc, où après des séjours à Fès et Mogador, il s'installe dans la médina de Rabat. Pour remplacer son premier directeur du Service des Beaux-Arts et des monuments historiques, Maurice Tranchant de Lunel, le maréchal Lyautey fait appel à lui de 1925 à 1935. En accord avec la pensée du maréchal, qui n'aime pas le style néo-mauresque, Jules Borély contrôle strictement les nouvelles constructions dans le Protectorat, et par décret, soumet toute nouvelle construction au schéma d'ordonnances préparés avec les architectes Jules Laforgue et Antoine Marchisio, imposant ainsi l'architecture cubique en terrasse. Aux monuments historiques, il fait restaurer la Koutoubia à Marrackech, la mosquée de Tinmel et poursuit les fouilles de la nécropole mérinide de Chellah et de la Sala romaine.

Il est révoqué en 1935 par le troisième successeur de Lyautey, et quitte le Maroc pour voyager en Tunisie et en Egypte, puis se refixer en France où il écrit plusieurs témoignages sur le Maroc : « Le tombeau de Lyautey » (1938) et « Le Maroc au pinceau » (1950).