Né à Lyon dans une famille savoyarde, Alphonse Germain est très tôt attiré par le dessin et s’inscrit à l’Ecole des Beaux-Arts de Lyon, puis rejoint l’Ecole des Beaux-Arts et l’Ecole des Arts décoratifs à Paris en 1881. Privé de revenus l’année suivante par la mort de son père, il devient journaliste au Parti ouvrier. Il écrit en 1889 pour la revue « Art et critique », puis dans les revues symbolistes « L’Ermitage » entre 1890 et 1896 sous le pseudonyme de « Kallophile l’Ermite », et « La Plume » entre 1891 et 1902, et occasionnellement dans le « Mercure de France », le « Moniteur des arts » (1891), à « L'Art et l'Idée « (1892) ou la « Gazette des Beaux-Arts » (à partir de 1907). En 1893, il réunit ses textes les plus importants notamment pour la défense du symbolisme, mais un symbolisme amputé de sa face sombre des primitifs, des nabis ou des sujets s’éloignant de sa foi (comme la pornographie ou le satanisme), dans un premier essai d’esthétique « Pour le Beau : essai de Kallistique ». En 1900, il est chargé d’organiser la section de gravure de l’exposition universelle.

Converti au catholicisme dans les années avant 1900, il collabore aux « Annales de Philosophie chrétienne » et exerce le secrétariat de la « Quinzaine », et publie deux hagiographies « Sainte Colette » (1903) et le « Bienheureux J. B. Vianey » (1905). S’il ne réduit pas la fonction de l’art à évangéliser, le retour en grâce de l’art religieux va dans le sens de son sentiment sur le symbolisme : se consacrant de plus en plus à l’histoire de l’art notamment en collaborant à partir de 1907 à la « Gazette des Beaux-Arts », il publie aussi en 1902 « L’Art chrétien en France des origines au XVIe siècle », « L'Influence de Saint François d'Assise sur la civilisation et les arts » et un important ouvrage d’esthétique « Le Sentiment de l'Art et sa formation par l'étude des œuvres », qui reçoit le Prix Montyon de l’Académie française. En 1906, il fait paraître son ouvrage majeur « Comment rénover l'art chrétien : caractères de l'art chrétien, causes de sa dégénérescence et moyens de le relever », où il exprime sa ferveur catholique et anti-républicaine, et remet au goût du jour les éléments de la doctrine catholique des années 1830 où le retour à l’Antiquité des Italiens de la Renaissance marque le début de l’éloignement de l’art de l’inspiration chrétienne. Il publie également en 1910 les « Artistes lyonnais » mettant en valeur l’art français et régional, se figeant au moment de la mondialisation des avant-gardes dans une appréciation conservatrice et patriotique des arts. Pendant la guerre, il exerce à nouveau comme journaliste, avant de devenir en 1919 conservateur des musées Lorin et Guillon de Bourg-en-Bresse, dont il fait l’inventaire des collections qu’il fait installer dans le cloître du musée de Brou. Il revient à ses idées esthétiques dans un dernier ouvrage paru en 1937 « L'Art et la Société de demain ».