Pierre Amado naît le 25 novembre 1919 à Paris d'Albert Amado, médecin, et de Marguerite Naquet. Il a un frère aîné, Georges Amado (1917-1988), également médecin. Étudiant, ses premières recherches portent sur les communautés juives du Comtat Venaissin : en 1938, il présente un mémoire intitulé "Le théâtre Judéo-comtadin" pour obtenir son Diplôme d'études universitaires de Lettres à la faculté de d'Aix-en-Provence ; en 1941, nouveau mémoire intitulé "Le problème du mal dans le livre de Job" pour l'obtention du Diplôme d'études universitaires de Philosophie ; cette même année, il présente également le mémoire "Essai sur l'organisation et la vie des juiveries d'Avignon et du Comtat Venaissin" pour l'obention du Diplôme d'études universitaires d'Histoire et de Géographie.

En 1942, Pierre Amado est recruté par l'Institut Français de Lisbonne et enseigne le français à l'Université de Coimbra. En 1943, un nouveau directeur vichyste est placé à la tête à l'Institut, Jacques Vier ; Pierre Amado, qui refuse de collaborer, est révoqué par décret du gouvernement de Vichy pour "activité antinationales". Le Gouvernement provisoire de la République française le rétablit peu après dans ses fonctions. À la suite d'un grave accident en 1947, il revient en France le temps de se remettre. Rétabli, il est appelé par la Direction générale des Relations culturelles afin d'organiser l'enseignement du français à la Radiodiffusion française, pour le compte de laquelle il a rédigé des cours de français diffusés au Portugal et au Brésil. Autre témoignage de ce versant d'enseignant du français : en 1964, il participe à la rédaction du manuel "En France comme si vous y étiez", largement diffusé à l'étranger.

Son intérêt pour l'Inde se développe après l'accident de 1947, lorsqu'il est contraint de se reposer. Il découvre à cette occasion la vie et la philosophie du mystique hindou Râmakrishna (1836-1886). À partir de 1952, parfois accompagné de son frère Georges, il anime des ateliers de philosophie à l'ashram de Gretz (aujourd'hui Centre Védantique Ramakrishna, créé en 1948 à Gretz (Seine-et-Marne) par Swâmi Siddheswarânanda (1897-1957), qui devient un ami intime.

Son intérêt pour l'Inde se concrétise lorsque Pierre Amado est nommé en 1953 attaché culturel auprès de l'Ambassade de France en Inde et est envoyé à Calcutta pour diriger l'Alliance française. À partir de 1961, il effectue de nombreuses missions en Inde pour étudier les pèlerinages hindous sur les bords du Gange (comme la Durgā pūjā à Calcutta), au sujet desquels il réalise des films tels que "Kumbha Mela" ou encore "Le ciel sur la terre", produits par le CNRS, et devient au fil des ans un spécialiste de la civilisation du Gange. Ainsi, entre 1970 et 1986, Pierre Amado occupe la chaire d'Histoire de la civilisation de la vallée du Gange à l'École pratique des hautes études.

Au début des années 1980, Pierre Amado a créé et dirigé le programme ASVIN du CNRS (Applications Solaires dans les Villages de l'Inde et du Népal). En collaboration avec des chercheurs indiens, les recherches de son équipe ont permis l'installation de pompes solaires dans des communautés rurales isolées en Inde et leur appropriation par les villageois bénéficiaires. Il a été un pionnier dans le développement des pompes solaires qui facilitent l'extraction d'eau dans les régions où elle constitue une denrée rare.

En France, Pierre Amado a également été l'un des membres fondateurs en 1981, avec Pierre-Bernard Le Bas, de l'association Aide et Action (aujourd'hui Action Éducation). Il a été le Président de la délégation en Inde de l'association de 1997 à 1999, puis son Président d'honneur.