Nièce de Clarisse Vigoureux, amie et correspondante de Charles Fourier, fondateur du fouriérisme, elle baigne très tôt dans les écrits et la pensée phalanstérienne, influence renforcée lorsqu’elle s’installe à Paris dans les années 1840. Elle y fréquente encore plus assidument sa tante et le couple formée par sa cousine, Julie Vigoureux et Victor Considerant. Convertie au protestantisme lors d’un séjour en tant que lectrice à Liverpool de 1847 à 1849, Clarisse Coignet est présentée au milieu fouriériste de Lyon par Aimée Beuque. Elle y rencontre François Coignet avec qui elle se marie en 1850. Elle abandonne peu à peu les idées fouriéristes, mais se lance dans le combat pour la République, pour l’enseignement des filles et la « morale indépendante », en collaborant à "La Morale indépendante", revue du franc-maçon Alexandre Massol, qui lutte contre les fondements religieux et métaphysiques de la morale, puis à la Revue bleue fondée par Eugène Yung, gendre de son mari. Elle tient à Paris un salon républicain, où se croisent Louise Ackermann, Marie d’Agoult, Louis de Ronchaud, Barbey d’Aurevilly. Amie de Jules Ferry et Ferdinand Buisson, elle participe à l’organisation de l’enseignement féminin sous la IIIe République et écrit plusieurs ouvrages sur la question scolaire et l’enseignement de la morale. Elle participe à la commission scolaire de Jules Simon en 1870-1871. Après la mort de François Coignet en 1888, elle visite de nombreux établissements scolaires en Algérie, et critique la politique de laïcisation des radicaux. Elle publie en 1895 la première biographie de Victor Considerant, son cousin par alliance et ses Mémoires, avant de se retirer de la vie publique jusqu’à sa mort en 1918.