Issu d'un milieu modeste, Hussain Taha perd la vue à trois ans faute d'accès aux médicaments. Par le toucher et l'ouïe, il explore le monde des fellah et paysans pauvres. A 13 ans, il accompagne son frère pour recevoir l'enseignement théologique au Caire, à l'université d'Al-Azhar. Déçu par cet enseignement qu'il juge sclérosé, il intègre en 1908 l'université du Caire nouvellement créée. Les nouveaux enseignements auxquels il a accès le tourne vers l'Occident et il obtient une bourse pour aller étudier en France en 1914 : il apprend le grec, le latin, le français, obtient sa licence en histoire romaine à Montpellier et épouse une Française en 1917. Il soutient sa thèse sur la philosophie sociale d'Ibnn Khaldoun en 1919 à la Sorbonne.

Rentré au Caire en 1919, il est nommé à l'Université du Caire comme professeur d'histoire histoire jusqu'en 1925, puis professeur de littérature arabe. En 1931, il est nommé doyen de la faculté des lettres de l'Université du Caire. En 1942, il crée la deuxième université d'Egypte à Alexandrie, dont il est le premier recteur. Au niveau national, il est tout à tout contrôleur général de la culture, conseiller technique, puis sous-secrétaire d'État au ministère de l'Instruction Publique, puis finalement ministre de l’Éducation Nationale de Nasser en 1950, poste dans lequel il fait voter la gratuité de l'enseignement primaire et réforme les programmes de l'enseignement sur le modèle de l'Occident.

Comme de nombreux écrivains de la Nahda (mouvement d'essor et de renouveau littéraire dans le sillage de l'effondrement de l'Empire Ottoman en Égypte), il commence par des traductions, notamment de tragédies de Sophocle. Il écrit ensuite dans le cycle Al-Ayyâm (traduit en français en Le Livre des jours) son autobiographie à la troisième personne, revenant sur son enfance solitaire et pauvre, l’enseignement de l'université Al-Azhar, qu'il critique vertement, et ses années à Paris pendant la Première Guerre mondiale. La plupart de ses romans évoque les hommes et femmes pauvres d'Egypte, en proie à l'injustice sociale et l'égoïsme des puissants. Il est reconnu dans le monde arabe à partir de 1926 et son ouvrage "De la poésie pré-islamique". Il y exprime ses doutes quant à l'authenticité de la poésie arabe antique, falsifiée pour des raisons de rivalités tribales et laisse entendre que le Coran ne peut être considérée comme fiable historiquement, il s'attaque aux mythes de l'histoire. Son ouvrage suscite donc l'ire des traditionnalistes et des érudits religieux d'Al-Azhar, Taha Hussein perd son poste à l'Université du Caire en 1931 et le livre est interdit. Il est republié sous le titre "Sur la littérature pré-islamique". Dans ses ouvrages sur le prophète Mohammad et ses fils, "En marge de la vie du Prophète" (‘Ala hāmish as-sirāt, 3 vol., 1933-1946), "La Grande Épreuve" (Al-fitnat al-kubrā, 1947) et "Ȧlī et ses fils" (‘Ȧlī wa banūh, 1953), il aborde l'Islam sans préjugés, à la manière rigoureuse de l'historien. Dans son "Avenir de la culture en Égypte" (Mustaqbal ath-thaqāfat fī Miṣr, 1938), il partage sa vision des rapports entre Orient et Occident, sans fossé, en complétude, entre lesquels échanges et contacts culturels doivent se renforcer. En parallèle, pour être indépendante et émancipée, l'Egypte doit se saisir de toute son histoire et la revendication méditerranéenne vise au libre accès à la culture européenne en dehors de la domination coloniale.