Simple poste militaire, puis colonie romaine sous Trajan (100 apr. J.-C.), Thamugadi fut, au IVe siècle, l'un des centres du donatisme. Détruite par les Berbères vers le milieu du VIe siècle, rebâtie en partie par les Byzantins, elle fut de nouveau détruite lors de l'invasion arabe (fin du VIIe siècle)

Rédécouvert en 1765 par un voyageur anglais, le site n'est exploré qu'à partir de la deuxième moitié du XIXe siècle, dans le contexte de la colonisation française avec une première mission dirigée par Louis Renier en 1851, puis une recension plus élaborée par Emile Masqueray en 1875 dans la Revue africaine. Sur décision du ministère de l'instruction publique et des beaux-arts, des fouilles commencent en 1880 et est créé un poste d'architecte en chef des monuments historiques d'Algérie. Est d'abord désigné pour mener les travaux de déblayage et de fouilles Edmond Duthoit, suivi à son décès en 1889 par Albert Ballu jusqu'en 1927.