Dès 1912 et le traité instituant le protectorat français, le Commissaire résident général le Général Lyautey, orientaliste, organise un dispositif administratif et législatif relatif à la conservation des monuments historiques, dans le but de conserver et protéger principalement les cités impériales de Rabat-Salé, Fès, Meknès et Marrakech, non altérées par l’occupation européenne. Les dahirs (décrets du roi du Maroc) du 26 novembre 1912 et 13 février 1914 traitent de la protection des « vestiges du passé qui touchent à l’histoire de l’empire marocain ainsi que les choses artistiques qui contribuent à son embellissement » et instaurent les modalités de conservation. L’organisme du Service des beaux-arts, antiquités et monuments historiques créé par le décret du 26 novembre 1912 est directement rattaché à la Résidence générale, y sont nommés exclusivement des peintres orientalistes et architectes, à l’instar du premier directeur, Maurice Tranchant de Lunel, architecte et peintre aquarelliste présent au Maroc dès 1911.

Le Service se charge de la recherche et de la conservation des antiquités, monuments, objets à caractère historique et artistique et évalue les mesures de défense, de protection et de rénovation de l’art marocain. Le Service contrôle l’édification des nouvelles villes françaises, qui doivent se construire en harmonie avec les médinas. Le 13 avril 1916 est créé en ce but un Service spécial d’architecture, présidé par l’urbaniste Henri Prost. Il s’entoure d’architectes comme Adrien Laforgue, Albert Laprade, Joseph Marrast, Antoine Marchisio, pour bannir le style néo-mauresque, en privilégiant de nouvelles constructions inspirées de l’architecture marocaine traditionnelle.

Après la Première guerre mondiale, le Service est le point de pivot des relations entre Français et Marocains, et sert à justifier la présence française au Maroc. Le 12 janvier 1918 est instauré l’Office des Arts indigènes au sein du Service. Par le dahir du 25 juin 1921, le Service passe sous la tutelle de la Direction générale de l'Instruction publique, des beaux-arts et des antiquités. Le 5 mars 1924, Jules Borély, peintre et ancien juge suppléant du tribunal de Rabat est nommé au poste de directeur de la Direction générale de l’Instruction publique, des beaux-arts et des antiquités. Le Service est renommé Service des beaux-arts et des monuments historiques le 1er avril 1924. Il prend en charge l'examen de tous les projets de monuments, bâtiments publics, voies et places publiques comportant une dimension architecturale, ainsi que l’inspection des médinas et la conservation des monuments historiques. Il veille à la conservation des remparts et médersas des villes impériales mérinides (Fès et Meknès) et saadiennes (Salé, Marrakech). Pour le travail de classement, des relevés photographiques sont effectués. Le Service procède pas à pas à l’électrification, à des travaux d’utilité publique (remparts, fontaines, latrines, jardins potagers ou d’agrément).